Με τον προγεννητικό έλεγχο κατά τη διάρκεια της κύησης και κυρίως με το υπερηχογράφημα Β΄επιπέδου διαδιγνώσκεται σήμερα μεγάλος αριθμός συγγενών ανωμαλιών.

Ο παιδοχειρουργός, ως μέλος μιας ομάδας ιατρών, ενημερώνει τους μελλοντικούς γονείς για τη βαρύτητα και την πρόγνωση των συγγενών ανωμαλιών. Έχει σημαντικό συμβουλευτικό ρόλο στη λήψη αποφάσεων κατά τη διάρκεια της κύσης και στο συντονισμό της εγχειρητικής φροντίδας με τη γέννηση ενός νεογνού με κάποια διαπιστωμένη συγγενή ανωμαλία.

Σήμερα, πληθώρα παθήσεων διαπιστώνονται προγεννητικά και αντιμετωπίζονται μετά τον τοκετό, όπως παθήσεις του κοιλιακού τοιχώματος (γαστρόσχιση, εξόμφαλος), παθήσεις πεπτικού (συγγενής διαφραγματοκήλη, ατρησίες οισοφάφου, εντέρου, ορθού κ.ά.), παθήσεις του ουροποιητικού (απόφραξη ουροποιητικού, εκστροφή ουροδόχου κύστης κ.ά.), παθήσεις πνευμόνων (κυστική αδενωματώδης δυσπλασία πνεύμονα, πνευμονικό απόλυμα), όγκοι, τερατώματα (ιδίως ιεροκοκκυγικά τερατώματα), αιμαγγειώματα κ.ά.